이번에 리뷰할 논문(Gocho et al., 2021)은 네트워크 약리학을 활용하여 유전적 변이가 없는 상태에서도 약물의 반응성을 예측하고 새로운 기전을 밝혀낸, '시스템 약리학(Systems Pharmacology)'의 기념비적인 연구입니다.특히 'NetBID'라는 독자적인 네트워크 분석 알고리즘을 통해, 단순한 유전자 발현량(Expression)이 아닌 숨겨진 드라이버의 활성(Activity)을 찾아냈다는 점에서 방법론적으로 배울 점이 매우 많습니다.1. 🧐 이 논문을 선택한 이유보통 암 치료제는 특정 유전자 돌연변이(예: BCR-ABL 융합)를 표적으로 개발됩니다. 그런데, 그런 돌연변이가 없는데도 약이 기가 막히게 잘 듣는 환자들이 있습니다. 도대체 왜일까요?이 논문은 소아 T세포 급성 림프모구..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유오늘 볼 논문은, 'NP → 도킹 → MDS' 3단계로 분석한 in silico 파이프라인을 '인삼(Ginseng)'과 '고혈압(Hypertension)'이라는 주제에 적용한 연구입니다.전통 약용 식물의 기전을 밝히는 데 이 'Dry-lab' 워크플로우가 얼마나 표준적이고 강력한 방법론으로 자리 잡았는지 비교하며 확인하기에 가장 좋은 논문이라 생각했습니다. 특히 고혈압 치료의 고전적인 타겟(ACE) 외에 새로운 타겟(CA-I)까지 발굴하고, 100ns의 분자 동역학 시뮬레이션으로 검증까지 마쳤다는 점에서 깊이 살펴볼 가치가 있습니다. 2. 📝 논문 정보논문 제목: Exploring Ginseng Bioactive Compound's Role in Hypertension ..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유지금까지 네트워크 약리학(NP)과 AI를 통해 '타겟'을 예측하고 검증하는 논문들을 살펴봤습니다. 하지만 이런 예측이 아무리 정확해도, 그걸 검증할 '모델'이 현실과 동떨어져 있다면(예: 단순 암세포주) 소용이 없겠죠. 특히 알츠하이머병(AD) 같은 퇴행성 뇌 질환은 뉴런, 성상교세포, 그리고 면역세포인 미세아교세포(Microglia) 간의 복잡한 상호작용이 핵심입니다.기존의 뇌 오가노이드(BO) 모델은 두 가지 치명적인 한계가 있었습니다.중심부 괴사(necrosis)로 인해 몇 달밖에 배양하지 못했습니다.뇌의 핵심 면역세포인 '미세아교세포'가 없습니다. (뉴런/성상교세포는 외배엽, 미세아교세포는 중배엽 유래라 함께 분화되지 않음)이 논문은 2025년 Communicati..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유이전 저널 미팅들(Zhang et al., Abbas et al.)을 통해 'AI 기반 네트워크 약리학'의 최신 3단계 방법론과 AI 모델(GNN) 평가의 함정까지 살펴보았습니다. 이번에는 이 모든 과정을 아우르는, 가설 설정부터 동물실험 검증까지 'Full-package'를 보여주는 연구가 궁금했습니다.이 논문(Li et al., 2025)은 바로 그 모범 답안입니다. 복막 투석 환자의 심각한 합병증인 '복막 섬유증'을 대상으로, Single cell RNA sequencing부터 동물실험까지 멀티오믹스 기술(scRNA-seq, bulk RNA-seq)로 '질병 타겟'을 식별합니다. 그리고 '네트워크 약리학(NP)'으로 천연물 성분(Salidroside, SAL)의 '약..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유AI(GNN)가 네트워크 약리학의 핫한 주제이며, 한의학의 '네트워크 타겟'을 찾는 데도 사용됩니다. 그렇다면 GNN의 성능은 과연 얼마나 좋을까요?이 논문은 GNN을 '약물-약물 상호작용(DDI)' 예측에 직접 적용한 2025년 최신 연구입니다. DDI는 다약제 병용(polypharmacy)이 늘면서 환자 안전에 치명적인 문제가 될 수 있고 , 반대로 '시너지' 효과를 찾는 핵심이기도 합니다.이 연구는 GCN, SAGE, GAT 등 수많은 GNN 아키텍처를 가져와 "어떤 모델이 DDI 예측을 가장 잘하는가?"에 대해 3개의 공개 데이터셋으로 공정하게 벤치마킹을 수행했습니다. '최고의 모델'을 찾으려던 이 연구가 오히려 '평가 지표의 함정'이라는 매우 중요한 현실을 밝혀..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유네트워크 약리학(NP)의 기본 개념을 다룬 고전적인 논문들에 이어, 가장 '핫'한 트렌드인 인공지능(AI)이 NP와 어떻게 결합하고 있는지 구체적으로 알고 싶었습니다.이 논문(Zhang et al., 2024)은 2024년 1월 Briefings in Bioinformatics라는 저명한 저널에 게재된 최신 리뷰 논문으로, AI 기술을 '한의학 네트워크 약리학'에 적용하여 '정밀 한의학'을 구현하는 방법론을 체계적으로 제시합니다. AI와 NP, 그리고 한의학이라는 세 가지 핵심 키워드의 교차점을 명확히 짚어줄 것으로 기대되어 이번 셀프 저널 미팅 논문으로 선정했습니다. 2. 📝 논문 정보논문 제목: Network pharmacology: towards the artifi..