🧐 1. 이 논문을 선택한 이유 (In Silico: '빈 잠금장치'를 만드는 설계도)우리는 보통 '잠금장치(Binding Site)'가 명확할 때 그에 맞는 '열쇠(약물)'를 찾기 위해 In silico를 씁니다. 하지만 Frizzled(FZD) 수용체는 그동안 소분자 화합물이 붙을 수 있는 주머니 자체가 어디인지조차 모르는 '난공불락'의 타겟이었습니다.이 논문은 "주머니가 없다면, 친척 모델(Smoothened)을 빌려와서 주머니를 먼저 설계하자"는 파격적인 In silico 전략을 보여줍니다. '데이터가 없어서 연구를 못 한다'는 핑계를 데이터 사이언스로 어떻게 극복하는지 보여주는 교과서적인 사례입니다. 📝 2. 논문 정보논문 제목: In silico docking yields small mol..

🧐 1. 이 논문을 선택한 이유 (In Silico: '상태'를 찾는 나침반)우리는 대개 '어떤 단백질 타겟에 어떤 약이 붙을까?'를 고민할 때 In silico를 사용합니다. 하지만 이 논문은 한 차원 더 나아갑니다. "성공적으로 재생되는 신경세포의 '상태(State)' 자체를 복제할 수 있을까?"라는 질문을 던집니다. 척수 손상(SCI) 치료의 난제를 풀기 위해, 연구진은 '특정 타겟'이 아닌 '전사체 시그니처(Transcriptional Signature)'라는 거대한 데이터의 파도를 In silico로 분석했습니다. 복잡한 생물학적 현상을 데이터 사이언스로 단순화하여 실제 치료제(Thiorphan)까지 연결해낸 이 논문의 논리 구조는 네트워크 약리학을 공부하는 우리에게 큰 영감을 줍니다. 📝..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유 (In Silico의 재발견)지금까지 우리는 천연물의 성분이 타겟에 붙는지 확인하는 도구로써 In silico(도킹, MDS)를 봤습니다. 하지만 이 논문은 "뇌가 어떻게 작동하는지 설명하는 이론(Normative theory)"을 만들기 위해 In silico를 사용합니다.소뇌(Cerebellum)가 운동 기억을 '피질(Cortex)'에서 '심부핵(Nuclei)'으로 옮기는 현상(System consolidation)은 오랫동안 미스터리였습니다. 연구진은 이를 생물학적 실험만으로 풀기보다, "뇌는 통계학적 오류(Bias-Variance)를 최소화하는 방향으로 설계되었을 것이다"라는 가설을 세우고, 이를 컴퓨터 모델(In silico)로 구현해 증명했습니다. NP가 아닌..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유KoGES 같은 인체 데이터와 네트워크 약리학을 붙일 수 없을까 하는 질문에서 시작했습니다. 유전체도, 네트워크 약리학도 데이터 분석 연구인데, 막상 전공 영역을 분리해서 보는 경우가 많습니다. 유전체를 대상으로 하는 두 영역의 공통분모를 이 논문이 보여줍니다.이 연구는 한국인 72,295명의 KoGES 데이터를 분석하여 고지혈증 유전자를 찾고(GWAS), 그 유전자를 조절하는 천연물을 컴퓨터로 탐색(NP & Docking)했습니다. '대규모 인체 데이터(Epidemiology)'가 '실험적 검증'을 대체할 수 있음을 보여주는, 벤치마킹의 가치가 높은 논문입니다.2. 📝 논문 정보논문 제목: Genetic Variants, Bioactive Compounds, and P..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유 (Q1의 자격)네트워크 약리학(NP) 논문이 쏟아져 나오면서, 단순히 "DB 검색해보니 A성분이 B타겟에 붙을 것 같다" 정도로는 좋은 저널에 가기 힘들어졌습니다.이 논문은 (1) 단일세포 전사체 분석(scRNA-seq)을 도입해 '어떤 세포'가 문제인지 정확히 짚어냈고, (2) 동물 및 세포 실험으로 예측된 기전을 완벽하게 증명했습니다. "예측(NP) + 심층 분석(Omics) + 검증(Experiment)"의 3박자를 모두 갖춘, 임팩트 팩터(IF) 높은 저널이 선호하는 전형적인 구성입니다.2. 📝 논문 정보논문 제목: Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and network pharmacology reveals pro..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유네트워크 약리학(NP)은 주로 한약이나 천연물의 '치료 효과'를 밝히는 데 쓰입니다. 하지만 반대로, "독성 물질은 도대체 우리 몸의 어떤 네트워크를 건드려서 망가뜨리는가?"라는 질문에도 똑같은 방법론을 적용할 수 있습니다. 이를 '네트워크 독성학(Network Toxicology)'이라고 합니다.이 논문은 야생 버섯 중독 사고의 주범인 아마톡신(Amatoxin)이 유발하는 급성 간 손상 기전을 컴퓨터 시뮬레이션(in silico)만으로 분석했습니다. 윤리적, 안전상의 이유로 인체 실험이 불가능한 '독성 물질' 연구에서 이 방법론이 얼마나 강력한 도구가 될 수 있는지 보여주는 흥미로운 사례라 선정했습니다.2. 📝 논문 정보논문 제목: Network toxicology c..

항암 치료(특히 옥살리플라틴)를 받는 환자들이 가장 괴로워하는 부작용 중 하나가 바로 손발이 저리고 아픈 말초신경병증(OIPN)입니다. 한의학에서는 이를 혈비(血痺)로 보고 황기계지오물탕(Huangqi Guizhi Wuwu Decoction, HQGZWWD)을 자주 처방합니다.이번에 소개할 논문(Yang et al., 2025)은 이 처방이 도대체 우리 몸의 신경을 어떻게 해서 통증을 줄이는지, 최첨단 분석 기술인 멀티오믹스(Metabolomics & Lipidomics)를 동원해 파헤친 연구입니다.1. 🧐 이 논문을 선택한 이유임상적 중요성: OIPN은 명확한 양방 치료제가 부족해 한방 치료의 수요가 매우 높은 분야입니다. 황기계지오물탕은 이 분야의 '에이스' 처방 중 하나입니다.방법론의 진화: 단순..

앞서 우리는 네트워크 약리학(NP)을 통해 복합 처방이나 단일 약물의 기전을 규명하는 연구들을 살펴보았습니다. 이번에는 시각을 조금 달리해서, 한약재 '천마'의 핵심 성분인 '가스트로딘(Gastrodin)' 단일 물질을 심층 분석한 최신 리뷰 논문(Dai et al., 2024)을 소개합니다.이 논문은 가스트로딘을 어떻게 만드는지(합성), 몸속에서 어떻게 움직이는지(약동학), 그리고 뇌 질환에 어떤 효과가 있는지(약리)를 집대성했습니다.1. 🧐 이 논문을 선택한 이유천마(Gastrodia elata)는 예로부터 두통, 어지럼증, 중풍 마비 등에 쓰이는 약재입니다. 그 효능의 중심에는 '가스트로딘'이라는 성분이 있습니다. 최근 가스트로딘이 뇌전증, 알츠하이머, 우울증 등 다양한 중추신경계(CNS) 질환에..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유한의학 임상에서 소화기 질환(위염, 설사 등)에 가장 빈용되는 처방 중 하나인 반하사심탕(BXD)이 대장암(CRC)에도 효과가 있다는 연구들은 종종 있었습니다. 하지만 대부분 '세포 자멸사(Apoptosis)'나 '염증 억제' 정도의 일반적인 기전 설명에 그치는 경우가 많았습니다.이 논문은 BXD가 암세포를 죽이는 방식이 단순한 자멸사가 아니라, 최근 암 연구의 핫 토픽인 철 사망(Ferroptosis)', 그중에서도 '페리틴탐식(Ferritinophagy)'이라는 매우 구체적이고 세련된 기전을 통해 일어난다는 것을 규명했습니다. 전통 처방의 기전을 현대적이고 트렌디한 관점에서 해석한 훌륭한 예시라 선정했습니다. 2. 📝 논문 정보논문 제목: Effect and mech..

1. 🧐 이 논문을 선택한 이유지금까지의 저널 미팅에서는 주로 한약이나 천연물의 기전을 밝히거나, 새로운 약물을 발굴하는 데 NP를 사용했습니다. 그런데 이미 병원에서 널리 쓰이고 있는 '양약'의 기전을 NP로 다시 들여다보면 어떨까요?올란자핀(Olanzapine)은 조현병과 양극성 장애 환자의 급성 '초조(Agitation)' 증상을 진정시키기 위해 흔히 사용됩니다. 하지만 도파민 차단 이외에 분자 수준에서 정확히 어떤 경로를 통해 '초조'라는 행동 증상을 완화하는지는 여전히 불명확합니다.이 논문은 '약물(Olanzapine) - 질병(Schizophrenia/Bipolar) - 증상(Agitation)'이라는 3자 구도의 교집합을 NP로 분석했습니다. 이는 질병명보다 '증상(Symptom)'을 타겟..